In de loop van de 19^e eeuw kreeg men oog voor de slechte omstandigheden waarin arbeiders verkeerden. Jan Ernst van der Pek was de eerste architect die zich wat aantrok van hun woonomstandigheden. Zijn ontwerp voor het Rochdalecomplex aan de Van Beuningenstraat was sober, maar goed gebouwd. Dat geldt voor veel van de woningen die hij in verschillende volksbuurten in Amsterdam ontwierp. Veel van die gebouwen staan er ruim honderd jaar later nog steeds. 

Als een van de eerste architecten werkte Van der Pek met een programma van eisen. Hij praatte met arbeiders en bestudeerde hun leven. Hij wilde goedkope en kwalitatief goede woningen bouwen; afgestemd op de behoeftes van arbeidersgezinnen. Hij legde daarom bijvoorbeeld vragenlijsten voor aan de toekomstige bewoners . Zijn bevindingen vormden deels de inspiratie voor de Woningwet uit 1901. 

Aan het eind van de 19^e eeuw werd Van der Pek ingeschakeld voor het eerste stadsvernieuwingsproject in Amsterdam. Zeventien krottenpanden aan de Goudsbloemstraat en Lindengracht in de Jordaan maakten plaats voor 92 appartementen voor arbeiders. Op de begane grond bedacht Van der Pek een kantoortje voor de woonopzichteres. Zij haalde de huur op en hield in de gaten of de bewoners zich als goede huurders gedroegen. Louise Went, zo heette de eerste woonopzichteres. In 1901 werd zij Van der Peks vrouw.

Gedurende zijn hele loopbaan bleef Van der Pek voornamelijk arbeiderswoningen ontwerpen. Hij bedacht de eerste gemeentelijke zandbak voor kinderen (Polanenstraat in Amsterdam) en de eerste arbeiderswoningen met ingebouwde kastruimte (Van Beuningenstraat in Amsterdam). Ook was Van der Pek de eerste architect die arbeiderswoningen met een gemeenschappelijke tuin ontwierp. In Den Haag was dat. Het voorbeeld kreeg al snel navolging in Amsterdam, aan de Balistraat (1911). 

Van der Pek heeft op veel plekken in Amsterdam zijn stempel gedrukt. Voor de Van der Pekbuurt in Amsterdam-Noord heeft hij het stedenbouwkundig plan en bijna alle woningen ontworpen. De vele rondlopende straten verwijzen naar de grachtengordel aan de andere kant van het IJ.

De oplevering in 1926 van de naar hem vernoemde buurt heeft Van der Pek niet meer meegemaakt. Hij overleed op zijn 53^e aan een gebrekkig hart. Zijn vrouw overleed in 1951.